嵇汝运，1918年4月24日生于上海松江。1941年毕业于中央大学（现南京大学）化学系。1946年应考公费留学，获中英文教基金（原为中英庚款）留学英国，1950年在伯明翰大学化学系获博士学位，继而应聘在该校药理系做博士后研究三年。1953年学成回国，在中国科学院上海药物研究所合成化学室工作至今。1960年晋升研究员。1978~1985年任该所副所长。曾兼任华东化工学院（现改称华东理工大学）、上海医科大学（现改称复旦大学上海医学院）、中国药科大学、山西大学、山西师范大学、浙江大学药学院等校兼职教授。曾任卫生部药典委员会委员。1979~1994年任上海市政协委员。1980年当选中国科学院院士。
      20世纪50年代初期，我国南方13省市流行血吸虫病，他回国后即接受任务，投身于血吸虫病防治药物的研究。曾合成数种低毒的锑化合物，可供口服或注射，用于临床治疗。中药南瓜子有驱虫作用并能抑制血吸虫幼虫。其有效成分是其中一种新氨基酸——南瓜子氨酸。他带领同事合成了南氨酸，并发现其左旋异构体为有效成分。南氨酸作为一种低毒、新类型的治疗急性血吸虫病药物，引起了广泛关注。“文革”期间，他随医疗队下农村，与赤脚医生巡迴医疗中获悉造成牛羊死亡的主要原因是肝片吸虫病，农村使用的是硫双二氯酚，疗效不理想。他与课题组成员改造其化学机构，发展了一种口服新药“硫溴酚”，在农村试治了大量病畜，疗效超过硫双二氯酚。
     嵇汝运的主要研究领域是神经系统药物。中科院上海药物所从植物千层塔中分离得到的新生物碱石杉碱甲（Huperzine A）是一种可逆性的乙酰胆碱酯酶抑制剂，能改善老年人的认知和记忆功能，用于治疗老年性痴呆症效果良好。由于天然来源资源有限，中外化学家竞相进行全合成研究。他带领博士生从合成吡啶酮环出发，向脂环发展，以7步法率先合成了消旋石杉碱甲，在Tetrahedron Letter发表，是全世界最早的全合成报道，从而确认了石杉碱甲的结构。以后国内外多沿用这条便捷的核心路线，合成类似化合物，研究其构效关系。他还合成了多种具有中枢神经系统镇痛、镇静等作用的天然产物及其衍生物，与该所药理学家一起研究了这些化合物与受体的作用，如脑啡肽、加锡果宁、四氢巴马汀等，为进一步开发新药打下基础。
     青蒿素是我国首创的抗疟新药，其高效、速效、低毒及无抗药性引起全世界关注。他组织和指导同事们合成了一系列作用更快、更强的类似化合物，从中开发了新药蒿甲醚，在非洲和东南亚救治了数百万疟疾患者，挽救了许多死亡率极高7684脑型疟疾病孩的生命。
     近代药物化学发展方向之一为手性药物的合成。他带领研究生探索用不对称方法合成已知药物的手性异构体，以求增强疗效。例如氧氟沙星是第三代氟喹诺酮类抗菌药物，其抗菌作用主要在左旋体。他们摸索出一条制备左旋体的新路线。该方法的优点为起始原料易于取得，反应条件温和，产率高，产物光纯度高，已取得专利并在药厂推广生产。
      20世纪70年代，他带领研究生在国内首先开展药物定量构效关系研究，并应用量子化学方法探索药物与受体作用的分子机制。以后数年间更由陈凯先、蒋华良等一批新秀继续发展，已在该所建立了相当规模的设备与研究队伍，开展计算机辅助药物设计研究，通过分子模拟方法设计有一定药理作用的新药结构，获得了一批先导化合物，提供药理试验，取得了一些可喜成果。在国际高引用率的学术期刊上发表了多篇论文，达到国内领先、国际先进水平。
     嵇汝运和他的研究团队曾多次荣获国家科学技术奖。1996年抗疟新药蒿甲醚获国家科学发明奖三等奖。1997年“基于蛋白质和核酸三维结构知识的药物设计”获中科院自然科学奖二等奖。1999年获中国药学发展部特别贡献奖。2001年“石杉碱甲的化学与药理研究”获国家自然科学奖二等奖。2005年获中科院上海药物所终身成就奖。